Decyzja o nieuczestniczeniu w lekcjach religii niesie ze sobą pewne konsekwencje organizacyjne, choć dla wielu rodzin jest to oczywisty wybór, zwłaszcza jeśli są niewierzące lub wyznają inną religię. Religia w polskich szkołach koncentruje się głównie na katolickiej wierze, więc dla dzieci z rodzin, które nie identyfikują się z tą tradycją, zajęcia te mogą nie być istotne.
Jedną z praktycznych konsekwencji jest konieczność organizacji alternatywnych zajęć dla uczniów, którzy nie uczęszczają na religię. Często dzieci te spędzają czas w świetlicy szkolnej, co może być dla nich mało wygodne, zwłaszcza gdy lekcje religii znajdują się w środku planu lekcji. W efekcie uczniowie muszą przerwać normalny tok zajęć, co może wpływać na ich koncentrację w ciągu dnia.
Niektórzy rodzice zauważają, że dzieci, które nie są zapisane na religię, mają odnotowywane w systemie e-dziennika nieobecność na lekcji, mimo że spędzają ten czas pod opieką innego nauczyciela. Inni rodzice skarżą się na to, że dzieciom wpisywane są nieobecności lub zwolnienia, co może prowadzić do nieporozumień, zwłaszcza gdy religia znajduje się w środku dnia.
Warto też pamiętać o tym, że dziecko, które nie uczęszcza na religię, może nie mieć możliwości poznania zasad dominującej w Polsce katolickiej tradycji religijnej, co dla niektórych rodzin może być istotnym elementem edukacji kulturowej. Jednak dla rodzin niewierzących lub wyznających inną religię, ta decyzja jest zazwyczaj zrozumiała i naturalna, jako że przedmiot ten nie odzwierciedla ich systemu wartości ani przekonań.
